Preplet časa, vode in kamnin je ustvaril fenomen presihanja, ki žene življenje na čudovitem kraškem polju. Cerkniško jezero je presihajoče, saj se napolni po dolgotrajnih padavinah, v suhem delu leta pa presahne.
Jezero se po Cerkniškem polju razlije, ko je dotok vode večji od odtoka. V dveh do treh dneh ga napolnijo obilne jesenske padavine, spomladi svoj del prispeva še taljenje snega. Voda v Cerkniško jezero priteka skozi podzemlje z Bloške in Vidovske planote, iz Loške doline ter izpod Javornikov. Edini površinski dotok je rečica Cerkniščica.
Odtekanje vode je počasnejše. Jezero v času brez padavin presahne v treh do štirih tednih. Vsa voda iz jezera odteče v podzemlje, torej je odtok Cerkniškega jezera v celoti kraški in Cerkniško polje tipično kraško polje.
Podzemski odtok vode je zapleten. Cerkniško jezero je geološko razvodje in voda iz njega odteka na dve strani. Del vode odteče skozi požiralne jame v Jamskem zalivu in na dan privre v slikoviti kraški dolini Rakov Škocjan kot rečica Rak. Drugi del vode iz Cerkniškega jezera odteče skozi ponikve, požiralnike in estavele v jezerskem dnu neposredno v izvire Ljubljanice na robu Ljubljanskega barja.
| največja Površina cerkniškega jezera: | 26 km2 |
| površina cerkniškega jezera (normalen vodostaj): | 20 km2 |
| površina cerkniškega jezera (nizek vodostaj): | 0,1 km2 + voda v strugah |
| največja globina cerkniškega jezera: | c.c.a. 10 m |
| največji požiralniki (po površini): | Vodonos |