Izvedba obsežnih naravovarstvenih projektov presega finančne zmožnosti lokalnega okolja, zato Notranjski regijski park redno prijavlja projekte z možnostjo sofinanciranja s strani Evropske Unije.
Projekti:
| LIFE - presihajoče Cerkniško jezero | 2006 do 2009 |
| Vzpostavitev dolgoročnega varstva kosca Crex crex v Sloveniji | 2004 do 2007 |
| eco karst | 2017 do 2019 |
| kras.re.vita | 2017 do 2022 |
| Life - Stržen | 2017 do 2022 |
| Life - Naturaviva | 2017 do 2022 |
| EIP 16.5 - MEJICE | 2021 do 2024 |
| EIP 16.5 - CVETOČI TRAVNIKI | 2021 do 2024 |
| LAS Notranjska | 2017 - |
| LIFE FOR SEEDS | 2021 do 2026 |