Edini daljši površinski dotok Cerkniškega jezera je več kot 30 km dolga Cerkniščica, v katero se zbirajo vode z roba Otavske, Vidovske in Bloške planote. Cerkniščica izvira v hribovitem področju Svetega Vida in Cajnarjev, izliva pa se v Jamski zaliv. Zgornji del doline je ozek in globok, od Cajnarjev do Begunj je dno doline širše, bolj ravno in prekrito z rečnimi naplavinami. Na tem delu Cerkniščica pogosto poplavlja.