Križna jama sodi po najdbah kosti jamskega medveda med najbogatejše v tem delu Evrope. Jamski medvedi so Križno jamo več deset tisoč let uporabljali kot brlog, danes pa tu živijo le še manjše živali.
Kljub zelo nizki količini hranilnih snovi v vodi je Križna jama izjemno bogata po številu vrst troglobiontov, specializiranih jamskih živali. 45 troglobiontskih vrst, živečih v Križni jami, jo po biotski pestrosti uvršča na 4. mesto na svetu!
Veliko slepo postranico in gladkega jamskega ježka, drobnega raka enakonožca, so prvič opisali prav po živalcah, ki so jih našli tu. Poleg tega je Križna jama dom šestim vrstam vodnih polžkov, od tega trem endemitom iz rodu Belgrandiella. V večni temi Križne jame med drugimi živijo tudi drobnovratnik, prva opisana jamska žuželka na svetu, jamska mokrica, jamski pajek in kapniška slepa postranica ...
Na vhodnem delu Križne jame najdejo zavetje tudi druge živali, med njimi jamski pedici in jamske kobilice, nekoliko globlje pa počivajo netopirji podkovnjaki.
| število troglobiontskih vrst: | 45 |
| Število endemitov: | 3 |
| število vrst, opisanih iz križne jame: | 2 |